修士課程を振り返っているブログも７回目となりました。一応前半１年のところは書き終えた感じです。
どうにか無事だった２学期を終えたものの、夏休み期間は２つの実験コースがありました。１つはバイオインフォマティクス系、もう１つは試験の方がダメダメだった安定同位体分析系のものでした。
が、この２つでいうと安定同位体実験の方は実験日数が短く、意外とすんなり終わって、成績も講義のやつよりは良かったので安心しました。
もう１つの方、バイオインフォマティクス系の話が今回のメインになりますが、これは学生が７つのトピックの中から１つを選ぶというもので、各トピックに１人PhDもしくはポスドクの人が担当するというものでした。担当できる人が７人しかいないので、もし学生が８人以上このコースに参加したい場合は１学期の環境微生物の成績で判断するようになっていました。これもあったので、環境微生物の成績は良くしておきました。
でもたしかそもそも７人もいなかったような気がします。
僕のいたコースはざっくりいうと微生物と分析化学の２つがメインなのですが、半数以上は分析化学系に焦点を当てている人たちでした。
そんなわけで特にほかの人とのトピックのかぶりもなく、僕はすんなり好熱菌系のトピックを選ぶことができました。
ほかのトピックに比べると、ドライ（パソコンを使って解析を行う）だけではなくウェット（実験室で実験を行う）内容もあったので選んだトピックでした。
夏休み期間中に、午前中はバイオインフォマティクス系の講義と演習、午後はそれぞれのトピックの実験・解析を進めていくというものでした。
学部時代は一応微生物系のことをやっていたのですが、ずっと実験だけのもので、プログラミングとか、そういったものはほぼほぼやったことがなく、２学期の環境微生物実験で初めて系統樹を作成したり、Rを使った統計解析をやったりしました。始めてやることで楽しいと思う反面、内容をしっかり把握することはできなかったです…。かなり僕には難しかった…。
僕のトピックは16S rRNA geneをmothurというやつを使ってサンプル内の微生物の多様性、どの種の割合が多いか少ないのかを調べるといったものでした。
最終的に、（延期が続いたものの）その年の12月にコースを担当した教授とその年に新しく入ってきた修士１年生の学生の前で発表をして成績をつけてもらいました。
どういうわけだか、遺伝子配列分析方法をIllumina MiSeqではなく、Sanger sequencingと書いて発表して、めっちゃ恥ずかしい思いをしました…。疲れていたのかもしれません…。
とにもかくにも無事に単位も取れて、３学期に突入、修士課程もいよいよ１年を残すのみとなるんですが、実はこの期間中にすでに、蕁麻疹が出たのが原因で皮膚科に行ったところ、「ストレスが原因かもねー」なんてことをお医者さんに言われていたりしました。当時はクリームを塗って割とすぐに治ったのであんまり気にしていなかったのですが、やっぱりここら辺から若干の不調があったのかもしれません。夏休みも結局、ずっと試験や実験、レポートとプレゼン作成で休みではなくて…。
そんな感じのまま、３学期に入っていくわけです。前半、年が明ける前はそこまで問題はないのですが、年が明けてから、徐々に気分がよろしくなくなっていってると、今振り返ると思うのですが、それはまた次回以降に書いていこうと思います。
修士課程に関するブログもどうにか年内に終わらせられるように頑張ります。
